MinION纳米孔测序可用于识别细菌的位置和结构
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发布时间:2015/3/23

短读、高通量测序技术无法识别重复插入序列获得的基因如细菌的毒力基因和抗生素抗性基因在染色体中的定位。“长读取”测序对于确定抗性基因的位置是非常重要的,纳米孔测序就是一种长读取的基因组测序技术。此前的长读取测序需要在昂贵的仪器上进行,而且操作起来比较复杂,往往只能在专业性的实验室里使用。而MinION非常小巧轻便,售价更低至650英镑左右。在全球范围扩散的伤寒沙门氏菌(Salmonella Typhi单体型H58是一种具有多重耐药性的突变株。研究人员采用MinION鉴定其耐药基因,只用18 h就能得出结果,而且精确性与现有技术相差无几。低成本速度快的纳米孔测序与短读取测序结合,能够为人们提供组装完全的细菌基因组。该研究首次为人们展示了,MinION解决重要生物学问题的巨大潜力,这一技术可以广泛用于临床上的细菌鉴定、传染病诊断和耐药性检测。

来源:Ashton PM, Nair S, Dallman T, et al.MinION nanopore sequencing identifies the position and structure of a bacterial antibiotic resistance island[J].Nat Biotechnol,2015, 33(3):296-300.

(刘楠 军事医学科学院卫生学环境医学研究所)


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